전남도는 지난해 40일간 10명의 감사 인원을 투입해 21개 시군의 농업보조금 집행 실태를 감사했으며, 전남도는 보조금 부정 집행을 포착하고도 계좌를 확인할 수 없는 한계가 있었고, 보조사업자 단체의 집단 항의와 지역 인사를 동원해 회유와 압력을 행사했으며, 행정소송 및 행정심판을 제기하겠다는 협박을 받아가면서도 감사를 진행해 큰 성과를 거뒀다.

감사 결과 지원된 사업비를 집행하지 않고서도 집행한 것처럼 허위 정산서를 제출하는 등 부정하게 지원받은 보조금 9억 8천만 원을 회수하고, 보조금 지원 목적과 다르게 집행한 14억 2천만 원을 목적대로 사용토록 하는 등 부당 집행사례 166건을 적발해 24억 5천만 원의 재정적 조치와 161명의 신분상 조치를 해 보조사업자의 도덕적 해이를 차단하고 보조금이 목적 대로 사용되도록 하는데 기여했고, 또한 화순군에서 같은 사업에 부부가 각각 달리 신청한 보조금을 중복 지원한 사례와 함평군에서 한 사람에게 2006년부터 2010년까지 5년 동안 23회에 걸쳐 11억 600만 원을 편중 지원한 사례 등 중복․편중 지원한 7천13농가를 적발해 주의조치 했다.

한편, 전남도는 이후 문제점을 개선하기 위해 농업보조금 담당부서에 보조사업자, 보조금, 사업 내용 등이 통합 관리되고 각종 자료를 공유할 수 있는 농림사업 이력관리 시스템을 도입하게 하는 등 보조금 집행이 투명하고 공정하게 이뤄질 수 있는 제도적 기반을 마련했다.