당초, 전라남도교육청이 목포시 초등학교의 무상급식은 2013년부터 실시하겠다는 단계별 실시 계획을 발표하였으나, 목포시는 학교 무상급식을 금년부터 실행하기 위하여 전라남도교육청과 초등학교 전 학년 무상급식을 위해 지속적으로 협의한 결과 목포시와 전라남도교육청이 50%씩 부담하기로 합의하고 초등학교 무상급식 소요예산 86억원 중 목포시 예산 43억원에 대응하는 교육청 부담예산 43억원을 4월경 추가경정예산을 편성 지원하겠다고 약속하여 전 학년으로 확대 시행하게 됐다.

목포시가 지원하는 예산은 금년도 예산에 편성되었으므로 목포시 예산을 관할 교육지원청에 지원하여 우선 3월부터 초등학교 전 학년 무상급식을 실시하고 나머지 부족 예산은 전라남도교육청이 예산을 확보하여 별도로 지원할 계획이라고 한다.

목포시는 이와 별도로 친환경 농산물을 학교급식에 지원하기 위하여 금년에 57억 8천만원과 저소득층 자녀 급식비 지원 예산 4억원을 편성 지원하고 있어 급식 지원 예산액이 105억원에 이르고 있으며, 앞으로 목포시는 무상급식을 2013년에 중학교, 2014년 이후에는 고등학교, 유치원, 보육시설까지 확대할 계획이며 또한, 식재료의 안정적인 공급과 학교급식의 질적 향상을 위한 목포학교급식 지원센터를 설립하여 학교급식 업무 전체를 관장하도록 추진할 계획이다.