목포시에 따르면 당초 이 사업은 예산확보가 가장 큰 관건이었는데 정종득 목포시장과 관련공무원들이 국토해양부 관계자들을 끊임없이 방문하고 설득한 끝에 금년예산으로 국비 20억원을 확보하였으며 향후 추가로 소요되는 예산 20억원을 확보하는데 긍정적인 답변을 받아내면서 문제해결의 돌파구를 찾았다.

목포 어린이바다체험과학관은 목포시 산정동 소삼학도 옆 부지 7,130㎡에 지상 3층, 연건평 3,515㎡ 규모로 들어설 계획으로 목포시는 총사업비 117억원을 들여 2012년 개관을 목표로 건립에 박차를 가하고 있는 가운데, 현재는 건물  골조를 완성하고 외부창호 및 샷슈공사가 진행 중이며 금년 상반기부터 관람객이 직접 이용할 내부 전시시설물 제작 설치 공사가 진행될 예정이다.

바다체험과학관은 6개의 주요테마(깊은 바다 상상 홀, 깊은바다, 중간바다, 얕은바다, 바다아이돔, 4D 영상관)를 바탕으로 어린이들이 바다에 흥미를 느낄 수 있는 체험전시 위주로 구성되어 있으며, 1층은 잠수정을 타고 해저탐사를 주제로 한 깊은 바다, 2층은 바다의 생물 탐사에 초점을 맞춘 중간바다, 3층은 바다의 환경과 에너지에 주안점을 둔 얕은 바다 등으로 층별 구성을 달리해 어린이들이 직접 체험하고 교감할 수 있는 공간을 마련했다.

한편, 목포시는 목포 어린이바다체험과학관이 건립되면 어린이들이 바다에 대한 상상력과 꿈을 키우고 다양한 과학체험을 할 수 있을 뿐 아니라 주변 삼학도의 해저 마리나 시설, 목포해양문화축제, 목포 춤추는 바다분수 등 해양 관광 자원을 비롯한 여러 관광자원과 연계되어 새로운 관광 수요창출을 통해 지역경제 활성화에 크게 이바지 할 것으로 기대된다고 말했다.