목포시는 각 가정, 식당 등에서 배출한 음식물류폐기물은 수집운반대행업체인 음식물처리나라에서 수집운반해 자원화시설에서 55%(35톤/일)를 처리하고 나머지 45%(30톤/일)는 민간업체에 위탁처리하고 있다 하지만 수집운반된 음식물류폐기물에 이물질 등이 포함돼 있어 양질의 퇴비생산 및 처리시설 운영에 차질이 빚어지고 있다.

한편, 민간위탁처리업체에서 7월부터 반입시 음식물류폐기물이 아닌 것이 포함돼 있을 경우에는 반입을 금지하고 있으므로 시는 비닐류, 소·돼지·닭 등 동물뼈, 전복·조개 등 껍질, 옥수수 속대 및 껍질 등과 같은 이물질은 반드시 쓰레기종량제 봉투에 담아 분리배출할 것을 강조했다.