목포시는 보건소에 메르스대책반을 구성해  24시간 비상방역체계를 유지해 감염 상황을 파악하고 있는 가운데, 발열과 호흡기 증상 등으로 의심환자가 발생할 경우 목포시보건소 역학조사반은 즉시 엠블런스를 현장에 출동시키고 국가지정병원(전남대병원)으로 후송해 환자의 가검물을 채취한 후 도 보건환경연구원에 검사를 의뢰하고, 환자 및 접촉자는 절처한 격리조치를 할 계획이다.

박홍률 목포시장은 박지원 국회의원, 조성오 시의회의장 등과 함께 6일 보건소를 방문해 메르스 상황을 보고받고, 신속하고 정확하게 판단하고 민첩하게 대응하도록 지시했다. 또 유관기관과도 협력해 공동 대응하기로 의견을 모았으며, 목포시보건소 관계자는 “메르스 발생과 관련해 근거없는 유포나 불안을 조장하는 것은 자칫 지역경제를 위축시키는 등 부작용을 초래할 수 있으므로 지양해주기 바란다”면서 “손씻기 등 개인위생을 철저히 준수하면 예방이 가능하다”고 강조했다.

한편, 목포시는 메르스 예방을 위해 제60회 현충일 추념식 행사를 비롯한 각종 행사를 축소 또는 연기하고 있다.